Analytici popredných finančných spoločností odhadujú, že tohtoročný rozpočtový deficit Českej republiky by mohol dosiahnuť 6 % hrubého domáceho produktu (HDP), teda o jeden percentuálny bod viac ako bola pôvodná predpoveď. To môže viesť k rastu dlhodobých úrokových sadzieb, kým krátkodobé sadzby by mali ostať na nízkych úrovniach.

Podľa odhadov analytikov škody spôsobené záplavami v Českej republike výrazne prevýšia 1 mld. USD. Očakávajú tiež, že spôsobia spomalenie ekonomického rastu v krajine. ČR navyše očakáva pokles príjmov z cestovného ruchu, ktorý je jedným z hlavných zdrojov príjmov. Väčšina analytikov však neočakáva trvalý vplyv povodní na českú menu, ktorá pod vplyvom záplav klesla voči euru o 1 % na 31,45 CZK/EUR.

V prvom štvrťroku vykázala česká ekonomika rast o 2,5 %, ktorý bol rýchlejší ako v Európskej únii (EÚ). Už pred záplavami však ekonomiku negatívne zasiahli viaceré faktory, hlavne posilňovanie českej meny a slabý dopyt v západnej Európe. Analytici teraz očakávajú ešte výraznejšie spomalenie rastu českej ekonomiky. Priestory mnohých podnikov totiž boli zaplavené a evakuované, alebo ich energetické spoločnosti odpojili od elektrickej energie. „Zatiaľ nie je možné presne určiť, či záplavy spôsobia škody vo výške 0,01 % hrubého domáceho produktu (HDP) alebo 0,1 % HDP, prípadne viac. Postihnutý bude predovšetkým export a cestovný ruch,“ povedal jeden z analytikov.

Škody v priemysle a na infraštruktúre sa odhadujú približne na rovnaké ako počas záplav v roku 1997, kedy predstavovali 60 mld. CZK. Niektorí analytici však očakávajú škody z tohtoročných záplav až vo výške 100 mld. CZK. Vládni predstavitelia tvrdia, že suma bude nižšia ako pred piatimi rokmi.

V Prahe boli zatvorené mnohé banky a finančné spoločnosti, pričom niektoré z nich boli zaplavené. Na finančných trhoch sa zastavila aktivita a distribučné služby prestali fungovať. Zasiahnuté boli aj spoločnosti Česká Rafinérska a Spolana. Najväčší český pivovar Plzeňský Prazdroj musel v Plzni zatvoriť svoju prevádzku. Škoda Holding poslal svojich zamestnancov na dovolenku. Očakáva sa však, že najviac budú postihnuté poisťovne.