Nový zákon o dani z pridanej hodnoty (DPH) z dielne Ministerstva financií SR (MF), ktorý nadobudne účinnosť po vstupe Slovenska do Európskej únie (EÚ), neumožní vrátenie DPH v rámci projektov zahraničnej pomoci. Nový zákon o DPH totiž bude plne v súlade s právnymi predpismi Európskych spoločenstiev (ES), podľa ktorých sa z príspevku zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu môže hradiť daň z pridanej hodnoty z prostriedkov ES len vtedy, ak konečný prijímateľ nie je platiteľom DPH. Ak je platiteľom DPH a nárokuje si vrátenie zaplatenej dane, príspevok ES nemôže použiť na úhradu predmetnej dane.

Ako vyplýva z koncepcie financovania predvstupových, štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu na roky 2004 až 2006, spolufinancovanie ES nebude môcť pri štrukturálnych operáciách presiahnuť celkové oprávnené výdavky bez DPH. DPH, ktorá predstavuje významnú položku pri financovaní projektov podporovaných zo štrukturálnych operácií, budú musieť platiť väčšinou koneční prijímatelia pomoci z ES z vlastných zdrojov.

Podobne je to aj pri súčasnom financovaní projektov z predvstupových fondov ISPA a SAPARD, kde hradí DPH konečný prijímateľ. Ak je však platiteľom DPH, môže si uplatniť nárok na vrátenie uhradenej dane v daňovom priznaní. Ak nie je platiteľom DPH, môže si nárokovať len vrátenie uhradenej dane z prostriedkov ES. DPH, ktorú uhradil z prostriedkov štátu alebo z vlastných, mu daňový úrad nevráti.

Pri predvstupovom fonde PHARE sa postupuje rovnako ako v prípade fondov ISPA a SAPARD okrem projektov, ktoré sú kontrahované implementačnou agentúrou CFCU. Čistú cenu, ktorá tvorí základ dane, totiž uhradí CFCU z prostriedkov ES a DPH hradí ekonomický odbor MF z tzv. revolvingového účtu zriadeného na tento účel. Uhradenú daň potom MF žiada naspäť od daňového úradu. Na vrátenie DPH potrebuje konečný prijímateľ potvrdenie z odboru Národného fondu MF o tom, že zdaniteľné plnenie sa obstaralo z finančných prostriedkov poskytnutých v rámci projektov zahraničnej pomoci.

Slovensko môže čerpať finančné prostriedky zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu od januára 2004, pričom do konca roku 2006 budú Slovensku dobiehať zdroje z predvstupových fondov – PHARE, ISPA a SAPARD. Projekty predvstupových a štrukturálnych fondov ako aj Kohézneho fondu sa financujú z verejných zdrojov ES, národných verejných zdrojov, ako sú ŠR, rozpočet obcí a vyšších územných celkov, ale aj zo súkromných zdrojov. Vo všetkých medzinárodných zmluvách v rámci programov zahraničnej pomoci je ustanovenie, že dane, clá a dovozné prirážky z prostriedkov ES sa nemôžu hradiť.