Pandémia spôsobená ochorením COVID-19 odhalila v systéme ochrany verejnosti pred infekčnými ochoreniami kompetenčné, ale aj legislatívne nedostatky. Slovensko nemá k dispozícii funkčnú sieť registrov, existujúce informačné systémy neposkytujú dostatočné dáta pre komplexné analýzy. Prejavilo sa to hlavne v prvých týždňoch od vyhlásenia mimoriadnej situácie, kedy analytici a odborníci pracovali v časovom sklze a s čiastkovými informáciami. Pozitívnu úlohu zohrali zamestnanci úradov verejného zdravotníctva, ktorí reagovali v predstihu a prvé výstrahy vydali už v závere januára 2020. Na druhej strane, zástupcovia rezortu zdravotníctva či členovia Ústredného krízového štábu sa vyhýbali zodpovednosti a rozhodnutia ponechávali na Úrade verejného zdravotníctva. Hygienici tak vo viacerých prípadoch suplovali iné štátne inštitúcie, a to aj bez jasných zákonných kompetencií. Upozornil na to Najvyšší kontrolný úrad SR (NKÚ) na základe záverov auditu realizovaného v druhej polovici roku 2020.

Národná kontrolná autorita vo svojej správe určenej poslancom NR SR pripomína, že Slovensko mohlo byť na mimoriadnu situáciu pripravené lepšie a to aj vďaka zmene legislatívy, ktorú ešte na jeseň v roku 2019 predložil do parlamentu hlavný hygienik SR. Reagoval tým na skúsenosti regionálnych úradov verejného zdravotníctva pri riešení lokálnych epidémií spôsobených chrípkou, vírusovou hepatitídou A či salmonelózou. Poslanci však novelu zákona o ochrane verejného zdravia neschválili. „Rezort zdravotníctva by mal v čo najkratšom čase iniciovať vytvorenie národného očkovacieho registra, aby kompetentní mali v reálnom čase jednoznačné a objektívne informácie nielen o zaočkovaných ľuďoch, ale aj o aktuálnom stave prístupných vakcín. Je to jedna z ciest ako dostať kolektívnu imunitu pod kontrolu a ako garantovať každému občanovi dostupnosť nevyhnutných a bezpečných vakcín,“ vysvetlil podpredseda NKÚ Ľubomír Andrassy.

NKÚ konštatoval, že pandémia len zvýraznila rezervy v systéme ochrany obyvateľov pred infekčnými ochoreniami v podmienkach očkovania mladých ľudí. Problémy s dosahovaním kolektívnej imunity spoločnosti pri povinnom očkovaní, ktorá musí byť podľa medzinárodne akceptovateľných štandardov nad úrovňou 95 % z celej populácie, v ostatných rokoch identifikovali predovšetkým v slovenskej metropole a jej širšom okolí. Slovensko sa plošne drží nad úrovňou 95 % zaočkovanosti detskej populácie. „V poslednom čase sa však z dôvodu vplyvu negatívnych kampaní na sociálnych sieťach, či rôznymi dezinformáciami zo strany veľmi úzkej skupiny jednotlivcov v médiách, dostávame pod hranicu kolektívnej imunity,“ upozornil podpredseda kontrolórov Ľ. Andrassy. Dodal, že rizikovým regiónom je slovenská metropola, kde sa miera zaočkovaných detí hlavne proti osýpkam, mumpsu a rubeole dostala na úroveň 93 až 94 %. Medzi rizikové regióny sa tiež radia Spišskonovoveský a Levočský okres. Na Spiši sa miera zaočkovanosti detí proti tetanu, záškrtu, čiernemu kašľu a detskej obrne dostala pod hranicu 90 %.