NKÚ skončil kontrolu vo FNM v marci 2003. Kontroloval dodržiavanie zákona o podmienkach prevodu majetku štátu na iné osoby a štatútu FNN v rokoch 2000 a 2001. Kontrola preverovala repo obchody s akciami z portfólia FNM. Ide o predaj právom spätného odkúpenia, pomocou ktorej si môže predávajúci požičať peniaze. Tieto operácie neboli v rozpore so zákonom.

FNM, ktorého hlavnou úlohou je predaj štátnych podnikov podľa NKÚ v minulosti neoprávnene požičal súkromným firmám 139 mil. Sk za nulový alebo preň nevýhodný úrok. Požičal peniaze spoločnostiam Šarm, s. r. o. Turčianske Teplice, Noko Fruit, s. r. o. Nové Zámky, Pratex, a.s. Čadca, Korasan, s. r. o., Trnava, S. Z. T., s. r. o. Turany, S. G. T. plus s. r.o. Bratislava, Išlo o doplnenie obežných aktív. Okrem toho FNM požičal dcérskej spoločnosti, obchodníkovi s cennými papiermi Dlhopis, o. c. p., a. s. Bratislava. Pôžičky boli poskytnuté v rozpore so zákonom, pretože je v rozpore so zákonom o bankách. Niektoré z firiem skončili v konkurze.

NKÚ kontroloval efektívnosť hospodárenia FNM. Kontrola zistila, že v zúčtovaní nákladov na prevádzku je viacero formálnych nedostatkov pri zúčtovaní a bola porušená zásada maximálnej hospodárnosti. Týkalo sa to čistenia automobilov, nákupu vybavenia lekárničky a nákladov na odborný seminár FNM v Piešťanoch. Na ňom z celkových nákladov vo výške 237.385 Sk bola ako súčasť občerstvenia zaúčtovaná aj konzumácia alkoholu rôzneho druhu v čiastke takmer 16.000 Sk. NKÚ upozornil na nedostatky v oblasti hospodárenia v autodoprave, pri vyplňovaní cestovných príkazov a prenájme parkovacích miest. Úrad kontroloval preukázateľnosť a vecnú správnosť vyplácaných odmien a miezd. Tvrdil, že odmeny sa neposkytujú diferencovane, ale jednotne bez zhodnotenia konkrétnych zásluh jednotlivých oddelení a pracovníkov. NKÚ zistil, že FNM nemá smernicu na používanie mobilných telefónov, ktorá by zabezpečila úspornosť a hospodárnosť ich využívania.

Kontrola sa zamerala najmä na použitie majetku FNM vo vzťahu k ustanoveniam zákona o prevode majetku štátu na iné osoby. Kontrola zistila nedostatky pri zúčtovaní právnej pomoci. Kontrola zistila nedostatky pri zúčtovaní nákladov na informačné služby. Bol to nedostatok informácií k službám poskytovaným FNM spoločnosťami Omnipublic, s. r. o., Bratislava, SK-Media, Storin, s. r. o., Slovakia Online, s. r. o. Bratislava, SITA, a.s. Bratislava.

Náklady na informačné služby NKÚ navrhol prehodnotiť z hľadiska zásady úspornosti a hospodárnosti ako aj z hľadiska zákona o prevode majetku štátu na iné osoby a v zmysle záverov NR SR ku schvaľovanému rozpočtu. NKÚ zistil, že bol porušený zákon tým, že FNM si nechal vypracovať nový štatút, pretože táto činnosť bola zaúčtovaná ako podpora privatizácie, hoci vecným obsahom patrí medzi náklady schvaľované parlamentom.

FNM financoval SNAZIR a neskôr jeho nástupcu SARIO. NKÚ zistil nedostatočnú preukázateľnosť faktúr, ktorým financoval obe inštitúcie. Nedostatky zistil NKÚ pri zúčtovaní financovania fondom Agentúry pre priemyselný rozvoj a revitalizáciu, zmluvy so spoločnosťou Tatra Raiffeisen Capital, s. r. o. Bratislava.

Na finančnú situáciu FNM mali podľa zistenia kontroly negatívny dopad dlhodobé termínované vklady peňažných prostriedkov uložené v komerčných bankách. FNM ukladal peniaze v 11 komerčných bankách bez výberového konania. Celkovo fond uložil 1 870 019 000 Sk v 39 tranžiach termínovaných vkladov v rokoch 1993 až 1996 s viazanosťou 4 až 12 rokov. Dlhodobou viazanosťou došlo k obmedzeniu pri nakladaní s peňažnými prostriedkami a teda k nárastu nákladov pri získavaní finančných prostriedkov na krytie záväzkov fondu. Termínované vklady boli uložené za nižšie ako trhové úroky.

Kontrola zistila rozpory v evidencii pohľadávok z obchodných záväzkových vzťahov ku koncu roku 2001. Kontrola konštatovala, že FNM nemá zabezpečenú úplnú, preukaznú a správnu evidenciu zmlúv. Niektoré zmluvy nie sú doplnené zmluvami o záložnom práve na majetok, alebo akcie, alebo výška záložného práva nezodpovedá pohľadávkam fondu. NKÚ tvrdí, že fond porušuje zákon tým, že nevykonáva činnosť vo verejnom záujme. Dôkazom toho sú zmluvy kde nebolo uplatnené záložné právo. Ide o zmluvy s kupujúcimi Pivovar Gemer, IVALK, VEGA, R. C. C. Sabinov, Sipox Holding, Slovpump, JAS Bardejov, Atlas Nitra, Magnatech a iné. NKÚ vyčítal fondu aj to, že bol nedôsledný a pomalý pri vymáhaní pohľadávok. Takmer polovica z pohľadávok totiž ostala vo firmách, na ktoré bol medzitým vyhlásený konkurz. Celkové pohľadávky predstavovali na konci preverovaného obdobia sumu vyše 34 mld. Sk FNM v rozpore so zákonom o prevode majetku štátu na iné osoby postupoval pohľadávky.

NKÚ skončil kontrolu na FNM SR za roky 1999-2001 podaním dvoch podnetov. Prvý sa týkal nezaplatenej kúpnej ceny za privatizovaný majetok spoločnosti Laurinc, a.s. Banská Bystrica, druhý finančnej operácie FNM s bankou Credit Lyonnais Bank Slovakia, a.s. Bratislava.

FNM prijal opatrenia na odstránenie nedostatkov zistených NKÚ. V súčasnosti neposkytuje žiadne pôžičky. Hospodárnosť čerpania rozpočtu FNM dokázal čerpaním nákladov na správnu činnosť na 36,6 % celoročného rozpočtu. Všetky pracovníčky sekcie ekonomiky boli zaviazané k tomu, aby pred zaúčtovaním a preplatením dokladov bola dodržaná úplnosť a preukázateľnosť preplácaného výdavku v zmysle zákona o účtovníctve. FNM prehodnotil hospodárnosť prenajímania parkovacích miest a úplnosť evidencie používania služobných motorových vozidiel. FNM prehodnotil využívanie mobilnej komunikácie. V prvom polroku dodržiaval výšku nákladov na mobilnú komunikáciu schválenú rozpočtom. FNM v súčasnosti nemá uzavretú zmluvu so spoločnosťou SARIO, a.s. Bratislava (do 31. 7. 2001 SNAZIR). Pri uzatváraní podobných zmlúv kladie väčší dôraz na jasnú a presnú dikciu zmlúv.

FNM prešiel od uzatvárania dlhodobých termínovaných vkladov ku krátkodobým vkladom so splatnosťou jeden miesiac. FNM v budúcnosti nebude postupovať pohľadávky z dlhodobých termínovaných vkladov v minulosti to robil len preto, aby zachránil finančné prostriedky uložené v krachujúcich bankách. FNM v budúcnosti neplánuje získavanie finančných prostriedkov formou predaja cenných papierov s právom spätnej kúpy (repo operácia). Tieto obchody sa uskutočnili preto, lebo FNM mal nedostatok finančných prostriedkov.