So zavedením jednotnej sadzby dane z pridanej hodnoty (DPH) na úrovni 20 % nesúhlasili v medzirezortnom pripomienkovom konaní k novele zákona o DPH štyri ministerstvá a niekoľko zväzov a združení. Okrem prehodnotenia výšky navrhovanej sadzby žiadali subjekty Ministerstvo financií SR (MF) aj o vyčíslenie odhadov dopadov 20-percentnej DPH na sociálnu situáciu obyvateľstva, na ceny tovarov a služieb, najmä ceny základných potravín, ako aj na podnikateľskú sféru. Vyplýva to z vyhodnotenia pripomienkového konania k návrhu zákona o DPH.

Podľa ministerstva práce a sociálnych vecí zvýši zjednotená 20-percentná sadzba DPH ceny všetkých tovarov a služieb, následkom čoho klesne kúpna sila obyvateľstva. Pokles dopytu domácností potom môže viesť k zániku malých a stredných podnikateľov. Rezort preto odporúča navrhovanú sadzbu znížiť, napríklad na 17 %. Sadzba dane na tejto úrovni by vyhovovala aj rezortu vnútra.

Podpredseda vlády Pál Csáky žiada zachovať zníženú sadzbu DPH. Slovensko by totiž podľa neho malo využiť prechodné obdobie na uplatňovanie zníženej sadzby dane vyrokované v prístupovom procese aby sa stimulovala spotreba vybraných tovarov. Problémy príjmovej stránky štátneho rozpočtu treba podľa Csákyho riešiť reformou verejných financií, znižovaním daňových nedoplatkov a elimináciou daňových únikov a nie zvyšovaním sadzieb daní.

Aj ministerstvo pôdohospodárstva žiada zachovať platný právny stav do roku 2006. Zavedenie jednej sadzby DPH sa totiž premietne do realizačných cien poľnohospodárskych a potravinárskych výrobkov a ovplyvní konečnú spotrebu obyvateľstva. Predajnosť vyprodukovaných produktov by tak ešte viac klesla. Aj podľa Slovenskej poľnohospodárskej a potravinárskej komory by sa agropotravinárske komodity mali aj naďalej zdaňovať len 14-percentou DPH.

Rezort kultúry navrhuje zníženú sadzbu dane na úrovni 5 % na knihy, kultúrne tovary a služby. Navrhuje tiež jej 5-percentnú úroveň na stavebné práce, nakoľko nárast sadzby dane by zvýšila cenu rekonštrukcií národných kultúrnych pamiatok. Od DPH by pritom podľa rezortu kultúry mali byť oslobodené služby kultúrnych organizácií vo verejnom záujme ako sú napríklad vstupenky do divadiel alebo múzeí. Rezort zdravotníctva navrhuje oslobodiť od dane niektoré povinnosti zariadení poskytujúcich lekárenskú starostlivosť a odporúča zvážiť aj výšku stanovenej sadzby DPH u liekov.

Asociácia zamestnávateľských zväzov a združení žiada, aby sa zjednotenie sadzby dane vykonalo aspoň v dvoch krokoch. Ak je jedna sadzba nevyhnutná, mala by byť podľa zamestnávateľov do 18 %. Odborári nesúhlasia s 20-percentou DPH z dôvodu prudkého výšenia životných nákladov obyvateľov. So zrušením zníženej sadzby DPH nesúhlasí ani Združenie miest a obcí Slovenska alebo Slovenský živnostenský zväz. Slovenská obchodná a priemyselná komora nie je proti zavedeniu jednotnej DPH, treba však podľa jej zástupcov najskôr analyzovať jej dopad na podnikateľskú a sociálnu sféru a až na základe analýz rozhodnúť o výške dane a prípadných viacerých sadzbách DPH.

MF chce od budúceho roka zrušiť zníženú 14-percentnú sadzbu DPH. Zavedením jednotnej sadzby dane vo výške 20 % sa tak zvýšia ceny všetkých tovarov a služieb, ktoré v súčasnosti podliehajú zníženej sadzbe dane. Do tejto skupiny patria napr. potraviny, lieky, energie, stavebné práce, dodanie stavieb, knihy, noviny, časopisy alebo hotelové a reštauračné stravovanie. Novela zákona o DPH, ktorá by mala platiť už od júla, by mala podľa MF zjednodušiť mechanizmus uplatňovania dane a posilniť príjmy budúcoročného štátneho rozpočtu z nepriameho zdanenia o 18,3 mld. Sk. Zdaňovanie zálohových faktúr už od júla 2003 by malo podľa MF zvýšiť príjmy aj tohtoročného rozpočtu.