Európska komisia v správe o Slovensku poukázala aj na dlhodobé problémy krajiny v oblasti finančného hospodárenia a kontroly pri využívaní eurofondov. Priznala, že implementácia štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu v SR sa v minulom roku napriek pozastaveniu platieb v roku 2014 výrazne zvýšila. Stále však chýba komplexné posúdenie účinnosti financovaných opatrení z hľadiska dosahovania cieľov príslušných programov.

V nadväznosti na audity systémov finančného riadenia a kontroly boli v roku 2014 pozastavené Slovensku platby v deviatich z jedenástich operačných programov financovaných z Európskeho fondu regionálneho rozvoja, Európskeho sociálneho fondu a Kohézneho fondu. „Platby vo všetkých programoch boli opäť odblokované v decembri 2015 po tom, ako sa uplatnili finančné opravy a vykonali zlepšenia systémov s cieľom predchádzať nezrovnalostiam, odhaľovať ich a zaistiť ich nápravu,“ vyplýva zo správy komisie v časti o riadení fondov EÚ.

Pracovná skupina komisie pre lepšie vykonávanie skúmala Slovensko s cieľom zaistenia optimálneho využívania investičných príležitostí, ktoré ponúkali európske fondy v programovom období 2007 – 2013. „Dôsledkom bolo prudké zvýšenie čerpania v roku 2015, v poslednom roku čerpania, pričom riziko, že niektoré finančné prostriedky prepadnú z dôvodu uzavretia programov, sa značne znížilo. S očakávanou ročnou absorpciou vo výške 25 % je rok 2015 rokom s najvyššou úrovňou absorpcie v programovom období 2007 – 2013,“ uviedla Európska komisia.

Skúsenosti z uplynulého programového obdobia podľa správy odhalili viaceré nedostatky. Išlo najmä o nedostatočnú administratívnu kapacitu zamestnancov pre eurofondy, nedostatok vysokokvalitných návrhov projektov, oneskorený začiatok implementácie, zložité programovacie a vykonávacie štruktúry, ako aj nedostatočne účinné nástroje monitorovania a hodnotenia. „Väčšina týchto nedostatkov sa má podľa očakávaní vyriešiť vďaka výkonnostne orientovanému rámcu nového programovacieho obdobia,“ uviedla komisia. Pre SR bolo na roky 2014 – 2020 vyčlenených zo zdrojov EÚ 15,3 mld. eur, pričom prvé výzvy na predkladanie návrhov sa začali v minulom roku.

Slovensko vyčerpalo z peňazí EÚ v programovom období 2007 až 2013 k 31. januáru 2016 v štrnástich operačných programoch takmer 10,515 mld. eur. Miera čerpania dosiahla 90,51 % z celkového záväzku takmer 11,618 mld. eur. Oproti koncu vlaňajška využitie eurofondov vzrástlo o 120,14 mil. eur a miera o 1,04 percentuálneho bodu. Nezrovnalosti a vratky pri zdrojoch EÚ dosiahli 668,43 mil. eur, čo je 5,75 % zo záväzku. Pre vyčerpanie zostávajúcej alokácie je potrebné ministerstvu financií predložiť oprávnené výdavky v minimálnej sume takmer 1,110 mld. eur.

Oprávnené obdobie pre výdavky uvedeného programového obdobia sa skončilo k 31. decembru 2015, avšak v tomto roku pokračuje proces spracovávania týchto výdavkov. Prijímatelia majú stále možnosť predkladať žiadosti o platbu na riadiace orgány a tie môžu predkladať súhrnné žiadosti o platbu na certifikačný orgán, teda ministerstvo financií, v určených termínoch. Potom bude známa predbežná úroveň čerpania. Finálna úroveň čerpania bude známa po uzatvorení programového obdobia 2007 – 2013 na základe záverečnej dokumentácie, ktorá bude predložená Európskej komisii v marci 2017.