Jedným z hlavných dôvodov, prečo podiel čerpania eurofondov na Slovensku ku koncu roka 2014 nedosiahol ani priemer Európskej únie, je podľa Najvyššieho kontrolného úradu SR (NKÚ) efekt politických cyklov pri výmene vlád a s tým súvisiaca vysoká fluktuácia úradníkov. Tá v roku 2010 dosiahla v niektorých riadiacich orgánoch až 47 %. Vyplýva to z kontroly efektívnosti riadenia vybraných operačných programov Národného strategického referenčného rámca 2007 – 2013, ktorú vykonal NKÚ, aby zistil dôvody, prečo Slovensko nečerpalo viac peňazí. Kontrolóri špecifikovali sedem oblastí, ktoré mali výrazný vplyv na implementáciu operačných programov.
„K veľkým zmenám, ktoré mali dosah na čerpanie finančných prostriedkov z EÚ prišlo hlavne vo volebných rokoch 2010 a 2012. Kým sa v roku 2010 rušilo značné množstvo výziev na predloženie žiadostí o nenávratný finančný príspevok, tak v roku 2012 nastal najväčší počet zmien na kľúčových pozíciách generálnych riaditeľov riadiacich a sprostredkujúcich orgánov (ministerstvá, agentúry),“ informoval v piatok NKÚ. Preto odporúča upraviť príslušné zákony tak, aby zastabilizovali pracovníkov na riadiacich pozíciách. Tí sú podľa úradu svojou odbornosťou aj historickou pamäťou zárukou správneho riadenia. Zmeny zákonov by zároveň mali zabrániť fluktuácii pracovníkov v oblasti čerpania eurofondov.
Skupina kontrolórov NKÚ sa snažila identifikovať aj tzv. príklady dobrej praxe v riadení operačných programov, ktoré by mohli byť uplatnené pri ich implementácii a pomôcť zlepšiť čerpanie v novom programovom období 2014 – 2020. V ňom má SR k dispozícii 13,5 mld. eur. NKÚ odporúča vyhlásiť veľké výzvy na predloženie žiadostí o nenávratný finančný príspevok hneď v prvých rokoch implementácie programov. V roku 2015 však okrem zverejnenia nových výziev musí Slovensko dočerpať ešte zvyšné 4 mld. eur z obdobia 2007 – 2013.
„NKÚ rovnako považuje za dôležité, že časová náročnosť verejného obstarávania mala výrazný vplyv na implementáciu operačných programov a teda aj na vývoj čerpania. Pri monitorovaní stavu implementácie odporúča zaviesť ukazovateľ úspešne ukončených verejných obstarávaní na úrovni programu,“ uviedol ďalej NKÚ. Tento údaj podľa neho reálne odzrkadľuje potenciál programu čerpať finančné prostriedky.
Pri porovnaní čerpania eurofondov v členských štátoch Európskej únie ku koncu roka 2014 bolo Slovensko s podielom 60,1 % tretie najhoršie pred Rumunskom (56,3 %) a Chorvátskom (45,1 %). Najlepšie čerpá peniaze EÚ Litva (93,7 %) pred Portugalskom (92,6 %) a Estónskom (92,3 %). Priemer čerpania eurofondov v rámci EÚ bol 77,6 %.