Ministerstvo financií (MF) SR vypracovalo postupy pre finančnú kontrolu štrukturálnych fondov a kohézneho fondu. Finančná kontrola by mala fungovať v dvoch úrovniach. Vyplýva to z materiálu, ktorý ministerstvo predložilo na medzirezortné pripomienkové konanie.

Prvá úroveň kontroly sa skladá z predbežnej (ex-ante), priebežnej (on-going), kontroly uskutočnenej služby a z kontroly kvality. Predbežná má slúžiť na ubezpečenie sa o projekte, priebežnou sa má overiť nielen hospodárnosť, efektívnosť a účinnosť projektu, ale aj úplnosť a preukázateľnosť účtovných dokladov, ktoré súvisia s kontrolovanou finančnou operáciou. Kontrola uskutočnenej služby umožňuje merať rozdiel medzi predbežným projektom a konečným výsledkom. Kontrolou kvality sa má testovať správne fungovanie systému.

Druhú úroveň by mali tvoriť nezávislé kontroly, ktoré vykonávajú kontrolné orgány alebo vnútorný audit. Súčasťou druhej úrovne kontroly je takzvaná 5-percentná kontrola výdavkov jednotlivých projektov. Skontrolované vzorky pred ukončením pomoci musia zahŕňať aspoň 5 % a pri Kohéznom fonde 15 % celkových oprávnených výdavkov podľa každého operačného programu. Materiál ale odporúča hranicu 7 až 10 %, v prípade Kohézneho fondu približne 20 %.

V rámci štrukturálnych operácií pozostávajúcich z platieb zo štrukturálnych fondov a Kohézneho fondu vyčlenilo Európske spoločenstvo pre Slovensko na nasledujúce tri roky 1,763 mil. eur, čo je približne 74,3 mld. Sk. Podľa odhadov Európskej komisie by sme však mali z týchto prostriedkov reálne vyčerpať len 31,045 mld. Sk. Z toho v budúcom roku by to malo byť 5,48 mld. Sk, v roku 2005 sumu 11,542 mld. Sk a v ďalšom roku 14,023 mld. Sk. Zo štrukturálnych fondov by sme pritom mohli získať za tri roky spolu 25,461 mld. Sk a z Kohézneho fondu 5,584 mld. Sk. Zdroje zo štrukturálnych fondov môžeme čerpať do roku 2009, pravidlá pre Kohézny fond však neohraničujú konečný termín vyplatenia záverečnej platby.