Ministerstvo financií SR (MF) vypracovalo nové pokyny pre hospodárenie s finančnými prostriedkami pri realizácii programu PHARE a Prechodného fondu – Transition Facility, ktoré zohľadňujú zmeny v legislatíve SR a Európskeho spoločenstva (ES), ako aj praktické skúsenosti subjektov zapojených do implementácie projektov v rámci programu PHARE. Materiálom by sa mala v blízkej budúcnosti zaoberať vláda, súhlas ktorej je potrebný na to, aby pokyny nadobudli účinnosť.

Pôvodné pokyny sa nemôžu aplikovať pri implementácii projektov v rámci programu PHARE, lebo nezohľadňujú zmeny v príslušných právnych predpisoch ES, ako sú novelizácia Praktickej príručky o kontraktačných procedúrach PHARE, ISPA a SAPARD alebo prijatie Memoranda o princípoch spolufinancovania projektov v rámci programu PHARE, ako ani zmeny v národnej legislatíve týkajúce sa napr. rozpočtových pravidiel alebo verejného obstarávania. Materiál v ôsmich častiach definuje kompetencie subjektov pri hospodárení so zdrojmi ES, zabezpečuje jednotný a koordinovaný postup pri hospodárení s prostriedkami únie a tiež postup pri prevode a správe majetku obstaraného zo zdrojov programu PHARE a Prechodného fondu. Program PHARE je hlavný nástroj predvstupovej pomoci poskytovanej kandidátskym krajinám strednej a východnej Európy pri príprave na ich vstup do Európskej únie. V plánovacom období 2000 až 2006 sa program zameriava na dve hlavné priority – budovanie inštitúcií a investície. Program je prípravou na zapojenie sa kandidátskych krajín do štrukturálnych fondov únie ako Európsky fond regionálneho rozvoja a Európsky sociálny fond.