Pokles zahraničného obchodu po vstupe Slovenska do Európskej únie (EÚ) výrazne zníži príjmy nášho štátneho rozpočtu (ŠR) z cla a daní vyberaných pri dovoze tovaru. Príjmy z cla by totiž mali poklesnúť z úrovne okolo 3,8 mld. Sk na asi 1,4 mld. Sk a takmer celý výber dane z pridanej hodnoty (DPH) v objeme okolo 120 mld. Sk prejde do správy daňových orgánov ako súčasť výberu intrakomunitárnej DPH. Predpokladá sa totiž že až 80 až 90 % súčasného objemu zahraničného obchodu sa zmení na vnútorný obchod v rámci EÚ. Celkové colné a daňové príjmy spravované colnými orgánmi dosiahli vlani 145,7 mld. Sk.

V oblasti spotrebných daní by celá správa mala prejsť do kompetencie colných orgánov, čím sa zvýši príjem rozpočtu štátu od colných orgánov. Jeho vyčíslenie však podľa rezortu financií nie je v súčasnosti možné, nakoľko sa predpokladá aj zmena režimu správy týchto daní. V súčasnosti spravujú colné úrady spotrebné dane z minerálnych olejov.

Na výdavkovej časti ŠR sa po vstupe do EÚ odzrkadlí najmä uvoľnenie asi 266 zamestnancov colných úradov. Počet colníkov a civilných zamestnancov colnej správy by sa totiž mal znížiť zo súčasných 5 828 na 5 562 osôb. Zákonné výdavky pri uvoľnení colníkov zo služobného pomeru s priemernou výškou výsluhového príspevku alebo dôchodku 12 000 Sk jednorazovo zvýšia rozpočtové výdavky o 38,3 mil. Sk a ďalšie náklady na odchodné o 31,92 mil. Sk. Plánované mzdové výdavky colných orgánov by sa však mali naopak znížiť po prepustení colníkov o 63,5 mil. Sk. Štát by mal ušetriť na naturálnych náležitostiach colníkov v služobnom pomere ďalších 6,65 mil. Sk ročne.

Počet pobočiek colných úradov by sa po vstupu SR do únie mal znížiť na približne 57, a to aj keď colné orgány prevezmú správu všetkých spotrebných daní a súčasne posilnia výkon právomocí v oblasti odhaľovania a vyšetrovania trestnej činnosti súvisiacou s vývozom, dovozom a tranzitom tovaru. Existencia niektorých pobočiek colných úradov totiž prestane byť opodstatnená, nakoľko sa ich zaťaženosť dovozným a vývozným colným konaním zníži na asi 20 %.