Päťročný nárast tržieb je na úrovni 103,8% a na najbližších päť rokov analytici prognózujú rast o 32,7% čo je hodnota nad úrovňou rastu celého odvetvia. Napriek rastu tržieb však čistá strata vzrástla až o 96% z hodnoty 25,5 mil. USD na 54,1 mil. USD. Vývoj tržieb odráža pokles v predaji svojho dominantného produktu, tzv. GeneChip. Vyššia strata je výsledkom nákladov spojených s viacerými akvizíciami a taktiež zvýšených výdavkov na zdokonalenie výrobnej technológie.

Tržná kapitalizácia je v súčasnosti na úrovni 1,34 mld. USD. Cena akcií sa za posledný rok pohybovala medzi hranicami 22,65 USD až 103,75 USD/akciu. Momentálna cena akcií sa pohybuje na úrovni 23,75 USD, čiže atakuje svoje ročné minimum.

Celkové aktíva spoločnosti vzrástli v roku 2000 o 90,08% z úrovne 326,6 mil. USD v roku 1999 na úroveň 620,8 mil. USD. Celkový dlh spoločnosti sa však vyšplhal až k méte 375,1 mil. USD, čo je pri pohľade na rok 1999 nárast takmer o 150%. Vlastné imanie spoločnosti sa taktiež zvýšilo zo 131,9 mil. USD na 147,1 mil. USD. Výraznú dynamiku zaznamenal rast počtu zamestnancov, ktorý sa z počtu 161 v roku 1997 vyšplhal až na 744 ku koncu roku 2000 a je výrazne nad priemerným počtom zamestnancov firiem patriacich do sektora biotechnológií. Túto situáciu je však potrebné chápať v kontexte viacerých akviziícií, ktorými spoločnosť Affymetrix, Inc. prešla za toto obdobie.

Vo februári 2000 spoločnosť ukončila akvizíciu firmi Genetic MicroSystems, Inc., ktorá sa špecializuje na DNA technológiu. Genetic Microsystems vyrába a predáva zariadenie na analyzovanie štruktúry DNA určené na jeho aplikáciu vo výskume a vývoji. Genetic MicroSystems spolu so svojou sieťou distribútorov umiestnili po celom svete už viac ako 150 prístrojov. Zákazníkmi tejto spoločnosti sú predovšetkými univerzity, vládne výskumné inštitúcie, výskumné laboratóriá biotechnologických a farmaceutických spoločností. Zamestnáva približne 60 zamestnancov. Týmto strategickým spojením sa vytvára jeden z popredných hráčov na poli DNA technológií.

Affymetrix okrem svojich komerčných aktivít vstúpil i do spolupráce s neziskovými výskumnými inštitúciami. V apríli roku 1999 podpísal dohodu o základných podmienkach spolupráce s National Cancer Institute (Národný onkologický inštitút). Na základe tejto dohody Affymetrix sprístupní technológiu svojho nového čipu GeneChip akademickej obci a ďalším neziskovým výskumným inštitúciám. Ich výskumníci môžu publikovať výsledky svojej výskumnej činnosti, spolupracovať so svojimi kolegami z akademickej obce, vládneho a súkromného sektora.